Las dificultades comienzan cuando los samaritanos quieren participar en la reconstrucción del Templo. Los samaritanos habían ocupado Jerusalén tras la deportación a Babilonia y se habían mezclado con los judíos que no fueron deportados. Su participación en la construcción del Templo les hubiera otorgado el derecho de ofrecer allí sacrificios a sus dioses paganos y esto no podía ser aceptado en modo alguno por los repatriados, quienes querían mantener su identidad judía a toda costa. Finalmente, los samaritanos lograron que las obras de reconstrucción quedaran suspendidas.